१४औं शताब्दीमा तिब्बतमा गा राब्जाम्पा कुङ्गा येशेद्वारा थार्लाम गुम्बा स्थापना गरिएको थियो । त्यहाँको खाममा अवस्थित थार्लाम, साङमा रहेको ङोर गुम्बामा आवद्ध थियो, जुन असंख्य अस्थीधातु एवं बहुमूल्य धर्मसम्पदाहरूको केन्द्र थियो । वज्रधर गाटोन ङावाङ लेग्पाले सन् १९१९ र १९२१ को बीचमा थार्लाम गुम्बाको पुनर्निर्माणमा ठूलो मात्रामा दान गर्नुभएको थियो । उहाँले गुम्बाको दुई तला बराबर अग्लो उचाइसम्म पुग्ने गरी दायाँतर्फ साक्य पण्डित र बायाँतर्फ ङोर्चेन कुङ्गा साङ्पो रहनुभएको सुनै सुनले बनेको तीन तला अग्लो बुद्धमूर्तिसमेत स्थापना गर्नुभएको थियो । 

सन् १९८१ मा  तेस्रो देजुङ रिन्पोछेले काठमाडौँको बौद्धनाथ स्तुप नजिकै नयाँ थार्लाम गुम्बा स्थापना गर्नुभएको हो । त्यसको ९ वर्षपछि परम् पावन दाग्छेन रिन्पोछे हिमाली क्षेत्र तिब्बतबाहिर पहिलो पटक लाम्ड्रे उपदेश प्रदान गर्न थार्लाम गुम्बामा आउनुभयो । त्यसबेला उच्च तहका लामाहरू,  भिक्षुभिक्षुणीहरू, बौद्ध अभ्यासी, उपासक–उपासिका तथा आम सर्वसाधारण गरी हजारौँको संख्यामा भेला भएका शिष्यहरूले लाम्ड्रे उपदेश ग्रहण गरेका थिए ।

सन् १९९३ मा परम् पावन ४१औं साक्य ठ्रिछेन रिन्पोछे लोटर वाङ्पोद्वारा संकलित साक्य परम्पराका साधनाहरूको संग्रह दुब्थब कुन्तुको अभिषेक तथा उपदेश दिन थार्लाम आउनुभयो । तत्पश्चात् परमपूज्य वज्रधर लुदिङ खेन्चेन रिन्पोछेको नेतृत्वमा अन्य परम्पराका केही उच्च गुरुहरूसमेत थार्लाममा आएर आगम तथा अभिषेक दुवै समावेश भएका उपदेशहरू दिनुभएको इतिहास छ ।  

त्यसै क्रममा सन् २००७ मा जिग्दल दाग्छेन रिन्पोछे थार्लाममा पुन: पाल्नुभई दोस्रो पटक पनि लाम्ड्रे दिनुभयो । सन् १९९४ मा देजुङ रिन्पोछेको चौथो सर्वोत्तम निर्माणकाय थार्लाम गुम्बामा पाल्नुभई गद्दी धारण गर्नुभयो । परमपूज्य रिन्पोछेले सूत्र, तन्त्र तथा ज्ञानका अन्य क्षेत्रहरूमा गहन अध्ययन पूरा गर्नुभएको छ । उहाँले हाल थार्लाम गुम्बाको आन्तरिक तथा बाह्य सबै क्रियाकलापको पूर्ण जिम्मेवारी लिनुभई मार्गदर्शन प्रदान गर्दै आउनुभएको छ । 

अहिले यस गुम्बामा १०० भन्दा बढी भिक्षुहरू छन् । जसमध्ये २० जना साक्य कलेज तथा अन्य शैक्षिक संस्थाहरूमा बौद्ध ज्ञान र दर्शनको अध्ययनमा तल्लीन छन् । हाल ७६ विद्यार्थी थार्लामको गुम्बा शिक्षालयमा अध्ययन गर्छन्, जहाँ उनीहरूले कक्षा ८ सम्म आधारभूत विद्यालय तहको धर्मनिरपेक्ष शिक्षा पनि प्राप्त गर्छन्। स्नातक गरेका पुराना भिक्षुहरू पूजा सञ्चालनका साथै वज्र गुरु तथा गुम्बा व्यवस्थापकहरूको नेतृत्वमा दैनिक धर्म गतिविधिहरूमा संलग्न हुन्छन्।

सबै प्राणीहरूको कल्याण हेतु थर्लाममा धेरै महान् पूजाहरू गरिँदै आएका छन् । तीमध्ये राब्जम्पा गुरु पूजा पनि पर्छ जुन हाम्रा मूल गुरुहरूको प्रणिधान पूरा गर्नका लागि वार्षिक रूपमा भव्यतापूर्क सम्पन्न गरिन्छ।